Κύρια ένδειξη της εξέτασης είναι ο εντοπισμός και η παρακολούθηση φλεγμονωδών νόσων του εντέρου και ειδικότερα της νόσου Crohn και των επιπλοκών που σχετίζονται με αυτή. Λιγότερο συχνές ενδείξεις αποτελούν η αιμορραγία, οι αγγειακές ανωμαλίες, οι όγκοι του λεπτού εντέρου και η εντερική απόφραξη.
Η μαγνητική εντερογραφία θεωρείται μια χρήσιμη τεχνική για την διάγνωση και την παρακολούθηση των παθήσεων του λεπτού εντέρου με μεγάλη λεπτομέρεια επιτρέπει στους ιατρούς να διαγνώσουν τις παθήσεις με ακρίβεια και να επιλέξουν την καλύτερη θεραπεία για τον ασθενή.
Η MRE , είναι μη επεμβατική και δε χρησιμοποιεί ιοντίζουσα ακτινοβολία, γεγονός που τη καθιστά ασφαλή για τους ασθενείς κάθε ηλικίας, ενώ δύναται να επαναληφθεί όσες φορές χρειαστεί. Όπως και με κάθε ιατρική εξέταση, υπάρχουν κάποιες περιπτώσεις στις οποίες η MRE δεν μπορεί να πραγματοποιηθεί. Ωστόσο, αυτές οι περιπτώσεις είναι λίγες και οι ιατροί μπορούν να επιλέξουν άλλες τεχνικές απεικόνισης ανάλογα με τις ανάγκες του κάθε ασθενούς.